O modelo de dados do The Thirteen é estruturado com base em cinco entidades principais: Reference, Collection, Type, Area e Tag, contando ainda com a coleção Settings voltada para os parâmetros globais da aplicação.
As informações de Galeria, Links e Metadados pertencentes a uma Reference não são modeladas como tabelas ou coleções independentes no banco de dados. Esses dados são estruturados como tipos compostos embutidos diretamente no corpo do documento principal da referência. Essa abordagem reflete a regra de negócio do projeto, visto que nenhum desses blocos possui ciclo de vida próprio ou utilidade fora do contexto de sua Reference mãe, eliminando o custo computacional de junções (joins) ou normalizações desnecessárias.
A entidade Area está vinculada hierarquicamente a um Type através do seu identificador e a restrição de unicidade do seu slug é aplicada exclusivamente dentro desse escopo delimitado por meio do índice composto @@unique([typeId, slug]). Essa configuração garante que subcategorias pertencentes a Types distintos possam coexistir com o mesmo nome amigável sem corromper a integridade do banco de dados.
A coleção Settings armazena o hash criptografado da senha de acesso do administrador diretamente na base de dados em vez de depender de variáveis de ambiente do servidor. Essa escolha de arquitetura permite que a senha seja atualizada diretamente pela interface administrativa desenvolvida para o sistema, dispensando a realização de novos deploys na plataforma de hospedagem para a aplicação da troca.